В структурата на факултета са обособени 5 катедри с общо 13 сектора:
- „Химия и биохимия”
- сектор "Неорганична, органична и аналитична химия"
- сектор "Биохимия"
- сектор "Фармацевтична химия и фармацевтичен анализ"
- „Микробиология, вирусология и медицинска генетика”
- сектор "Микробиология и вирусология"
- сектор "Медицинска генетика"
- „Фармакология и токсикология”
- сектор "Фармакология"
- сектор "Токсикология и фармакотерапия"
- „Физика, биофизика, предклинични и клинични науки”
- сектор "Физика и биофизика"
- сектор "Висша математика и предклинични науки"
- сектор „Клинични науки“
- „Фармацевтични науки и социална фармация”
- сектор "Технология на лекарствените форми"
- сектор "Социална фармация"
- сектор „Фармакогнозия и фармакоботаника“
