Основна мисия на НИИ е осъществяването на самостоятелни и съвместни фундаментални, приложни и интердисциплинарни научни изследвания в областта на медико-биологичните, медико-ветеринарните, фармацевтичните, клиничните и медико-социалните науки.

Приоритет в дейността на института е повишаването на качеството, ефективността и международната конкурентоспособност на научноизследователската дейност чрез:

• внедряване на иновативни методи, технологии и научни подходи;
• развитие на интердисциплинарното сътрудничество;
• стимулиране на научноизследователския капацитет;
• реализиране на висококачествени научноизследователски проекти;
• насърчаване на транслационните изследвания и приложението на научните резултати в практиката.