Факултет "Медицина" се състои от следните структурни звена: 16 катедри, като четири от тях са с по два сектора и три-с 3 сектора и спомагателна административна структура - Студентска канцелария.
В състава на Факултета са изградени следните катедри:
- катедра "Анатомия, хистология, цитология и биология "
- сектор "Анатомия, хистология и цитология”
- сектор "Биология”
- катедра "Физиология и патофизиология”
- сектор "Физиология”
- сектор "Патофизиология”
- катедра "Дерматология, венерология и алергология”
- сектор "Дерматология и венерология”
- сектор „ Алергология“
- катедра "Патологоанатомия”
- катедра "Неврология и неврохирургия”
- сектор "Неврология”
- сектор "Неврохирургия”
- център по нуклеарна медицина
- катедра "Пропедевтика на хирургически болести”
- катедра "Пропедевтика на вътрешни болести”
- катедра "Хирургически болести”
- катедра "Кардиология, пулмология и ендокринология”
- сектор "Кардиология”
- сектор "Пулмология”
- сектор "Ендокринология”
- катедра "Нефрология, хематология и гастроентерология”
- сектор "Нефрология”
- сектор "Хематология”
- сектор "Гастроентерология”
- катедра "Анестезиология и интензивно лечение”
- катедра "Акушерство и гинекология”
- катедра "Детски болести”
- катедра "Очни болести, УНГ болести и ЛЧХ”
- сектор "Очни болести”
- сектор "УНГ болести”
- сектор "ЛЧХ"
- катедра "Ортопедия и травматология"
